Het Concilie van Trente kende een lange voorgeschiedenis. In maart 1517 was het Vijfde Concilie van Lateranen afgesloten met een aantal voorstellen tot hervorming van de rooms-katholieke Kerk, maar hier werd verder geen vervolg aan gegeven. Nog in hetzelfde jaar schreef Martin Luther zijn 95 stellingen die het begin zouden vormen van de reformatie. Hijzelf en vele anderen in Duitsland hoopten dat het bijeenroepen van een concilie een eind zou kunnen maken aan de tegenstelling tussen lutheranen en de rooms-katholieke Kerk.

Maar in Rome voelde men weinig voor zo’n concilie. Dat kwam door eerdere ervaringen met de concilies in Pisa (1409), Konstanz (1414-1418) en Bazel (1431-1433). Tijdens die concilies was telkens gepleit voor een inperking van de macht van de paus en versterking van die van de bisschoppen. In Rome vreesde men dat tijdens een nieuw concilie die geluiden opnieuw de kop op zouden steken.

De omstandigheden voor een concilie waren bovendien niet gunstig. Er was voortdurend oorlog in Europa waarbij ook Rome niet werd gespaard: in 1527 plunderden troepen van de Duitse keizer Karel V de stad. Overigens was de keizer een voorstander van het houden van een concilie. Hij hoopte dat dit een einde zou maken aan de verdeeldheid tussen lutheranen en katholieken en zo de eenheid in zijn rijk zou herstellen.

Maar paus Clemens VII (1523-1534) was een tegenstander van het houden van een concilie en hij werd daarin gesteund door Karels aartsvijand Frankrijk. Diens opvolger Paulus III (1534-1549) deed er wel alles aan om een concilie bij elkaar te krijgen. Oorspronkelijk zou het in 1537 in Mantua bijeenkomen, maar het werd uiteindelijk 1545 in Trente. Dit was een compromis: Karel V wilde dat het in een gebied zou plaatsvinden dat direct onder zijn gezag stond en de paus wilde dat het niet te ver van Rome zou zijn. Trente voldeed aan beide voorwaarden. De eerste zittingsperiode duurde tot 1549.

Paus Paulus III drukte een zwaar stempel op het concilie door gedurende zijn pontificaat 71 kardinalen te creëren. Een deel van hen waren favorieten van Karel V, een ander deel van de Franse koning, maar er waren er ook bij die behoorden tot de spirituali, een groep hervormingsgezinden. Onder hen waren veel Italianen, maar ook de Engelse kardinaal Reginald Pole (1500-1558).

Als voorbereiding op het concilie had Paulus III in 1536 een commissie van kardinalen gevormd die de hervorming van de rooms-katholieke Kerk moesten voorbereiden. Een jaar later kwamen ze met hun rapport, ‘Concilium de Emendenda Ecclesia’, een advies over de hervorming van de Kerk. Hierin werd de nadruk gelegd op verbetering van de opleiding van de geestelijkheid zodat deze beter leiding kon geven aan de gelovigen. Een aantal van de kardinalen die het advies hadden opgesteld, was daarbij tot de conclusie gekomen dat hun visie op de rechtvaardigheidsleer nauwelijks afweek van die van Luther, namelijk dat de mens alleen gered kon worden door de genade van God en niet door goede werken te verrichten. Zij ontmoetten in 1541 in Regensburg enkele voorname lutherse theologen en inderdaad bleek er op dit punt overeenstemming mogelijk. Op andere punten, zoals het aantal sacramenten (twee volgens de lutheranen, zeven volgens de katholieken), bestond evenwel grote onenigheid en daarom kwam het niet tot een vergelijk. Het speelde de katholieken die tegen elk compromis met Luther waren in de kaart.

Dit bleek al tijdens de eerste zitting van het concilie. Het stelde vast dat de goddelijke openbaring wordt doorgegeven via de Schrift én via de Traditie. Dit in tegenstelling tot de lutherse opvatting dat dit alleen door de Schrift, Sola Scriptura, gebeurt. Dat was het eerste voorname resultaat van het concilie.  Ook in tegenstelling met de leer van Luther was de bevestiging door het concilie dat de mens gerechtvaardigd werd door Gods genade én de goede werken die de mens verrichtte. Hiermee was de weg naar een compromis met de lutheranen praktisch afgesneden. Verder werd bepaald dat de Vulgaat de officiële tekst van de Bijbel bleef, ondanks dat onderzoekers als Erasmus hadden vastgesteld dat er fouten in de vertaling waren gemaakt.

Hierna stonden enkele kwesties op de agenda die de levenswijze van de geestelijkheid betroffen. Paus Paulus III had eigenlijk eerst alle theologische kwesties willen afhandelen. Hij vond dat de leer van de Kerk duidelijker geformuleerd moest worden omdat er hierover veel verwarring heerste onder de gelovigen. Maar onder druk van keizer Karel V werden ook de bezwaren behandeld die de protestanten hadden tegen een aantal wantoestanden binnen de Kerk. Een daarvan was het verschijnsel dat bisschoppen en priesters meerdere functies hadden. Daardoor waren ze bisschop of pastoor in een bepaalde plaats en ontvingen ze hiervoor inkomsten, maar ze lieten zich er nooit zien omdat ze elders een andere lucratieve functie bekleedden. Dat was ook het geval met veel medewerkers van de Curie. Ze waren bisschop van een of ander bisdom, maar kwamen er nooit.

Daar wilde het concilie een einde aan maken, maar Paulus III begreep dat dit hem veel steun in Rome zou kosten. Onder het mom van een dreiging van een tyfusepidemie verplaatste hij het concilie naar Bologna, een stad in de Kerkelijke Staat waar hij meer controle over de vergadering zou hebben. Maar de Duitse bisschoppen die aan de kant van Karel V stonden, weigerden mee te gaan. In februari 1548 schortte Paulus III daarom de zitting van het concilie op.

In 1549 overleed Paulus III en in het conclaaf dat daarop volgde, leek kardinaal Pole een goede kans te maken. Als hij gekozen zou worden, was de kans groot dat er toch weer een opening naar de lutheranen gezocht zou worden. Maar uiteindelijk werd er een gekozen die de steun genoot van de Franse koning omdat die tegen de heropening van het concilie was.

Karel V zette de nieuwe paus Julius III (1550-1555) echter onder zware druk zodat in 1551 het Concilie toch opnieuw bijeenkwam. Het stelde enkele decreten op over de transsubstantiatieleer, maar liet enkele andere kwesties liggen. Het was de bedoeling dat lutherse en calvinistische theologen aan dit debat zouden deelnemen. Maar in de zomer van 1552 rukten opstandelingen die de wapens hadden opgenomen tegen keizer Karel V op naar Trente en werd het concilie opnieuw opgeschort.

Julius III maakte geen haast met de hervatting, maar zijn opvolger Marcellus II was uitgesproken hervormingsgezind. Zijn vroegtijdige dood – hij stierf binnen een maand na zijn verkiezing – verhinderde echter dat hij het concilie heropende. Bij het conclaaf dat daarop volgde, sloeg de balans weer door naar de andere kant. De nieuwe paus Paulus IV was een voorstander van hervormingen, maar dan wel onder zijn leiding en niet onder die van een concilie. Kardinalen als Pole, die hadden aangedrongen op gesprekken met de protestanten beschouwde hij als ketters.

Het overlijden van Paulus IV in 1559 en de verkiezing van Pius IV maakten de weg vrij voor de hervatting van het concilie, maar er was opnieuw politieke druk voor nodig. Nu waren het zowel de nieuwe Duitse keizer, Ferdinand I, als de Franse koning die aandrongen op een concilie dat het overleg met de protestanten zou hervatten. Beiden hadden te maken met groeiende verdeeldheid in hun rijk: in het Duitse rijk wonnen de lutheranen aan invloed gewonnen en in Frankrijk nam de aanhang van het calvinisme hand over hand toe.

Maar het was de koning van Spanje, Filips II die de de doorslag gaf. Hij zorgde er in 1562 voor dat het concilie werd hervat maar ook sloot hij elk compromis met de protestanten uit. Maar het concilie kon wel de verdere hervorming van de rooms-katholieke Kerk ter hand nemen: eindelijk werd ondubbelzinnig vastgesteld dat bisschoppen en pastoors residentieplicht hadden. Carolus Borromeus, in de beste nepotistische tradities door zijn oom Pius IV tot kardinaal gecreëerd, gaf het goede voorbeeld. Hij vestigde zich als aartsbisschop van Milaan daadwerkelijk in de stad. En niet alleen dat: hij preekte regelmatig, hield toezicht op het bestuur en op de geestelijkheid en organiseerde een provinciale synode op de hervormingen van Trente in de praktijk te brengen. Zelfs toen in de stad de pest uitbrak, vluchtte hij niet zoals andere vooraanstaande lieden in die situatie gewoon waren te doen, maar hielp bij het verplegen van de zieken.

In 1563 werd het concilie afgesloten en op 26 januari 1564 bevestigde Pius IV de besluiten van het concilie. Ze werden gepubliceerd, maar niet overal even snel uitgevoerd. Zelfs in Spanje waren er bezwaren omdat een van de besluiten de vorsten, en dus ook Filips II, het recht ontzegde om bisschoppen te benoemen. Na de dood van Pius IV in 1566, werkte zijn opvolger Pius V de besluiten verder uit met de publicatie van een catechismus, een nieuw brevier en het missaal dat het model werd voor de Tridentijnse ritus zoals die tot het Tweede Vaticaans Concilie voorgeschreven was.

Zo had de rooms-katholieke Kerk haar leer opnieuw gedefinieerd en afgezet tegen die van Luther en Calvijn. Degenen die hadden aangestuurd op een compromis met de reformatoren hadden aan het kortste eind getrokken. Zo’n compromis was trouwens moeilijk geworden omdat ook de lutheranen en calvinisten hun leer hadden gedefinieerd die op wezenlijke punten verschilde van die van de rooms-katholieke Kerk.

Toch kan het Concilie van Trente niet beschouwd worden als louter en alleen een reactie op de reformatie. Een aantal historici spreekt daarom niet meer van ‘contra-reformatie’, maar van ‘katholieke reformatie. Net als de reformatie van Luther en Calvijn was deze katholieke reformatie een aanpassing aan de nieuwe tijd. Naast de adel en de geestelijkheid waren de burgers een factor van belang geworden. Ze hadden grote invloed in de steden en waren goed opgeleid zodat ze in godsdienstige zaken een kritische houding konden aannemen. Met het Concilie van Trente was een begin gemaakt met het uitbannen van de misstanden die aanleiding waren geweest tot de hervorming. Zielzorg was de voornaamste taak van priesters en bisschoppen; de positie van de paus was versterkt.